未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は
巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。
再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや
人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。
なんとか勝利をおさめたのだった。
あれから10年-。
シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。
つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、
穏やかな日々を過ごしている。
だが、艦長・小林は分っていた。
ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。
そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。
愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。
人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で
育てられた少年・谷風長道は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人(もりと)の操縦士訓練生となる。
仮象訓練で培った類まれなる能力により、シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、
ガウナとの激戦の中で戦友・星白閑を失ってしまう。
そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾をはじめとするガウナの猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、ガウナの巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。
対話不能の異性物・ガウナに太陽系を破壊されて千年。
脱出した人類の一部は、巨大な宇宙船シドニアで、繁殖しながら旅をしていた。
生まれてから地下でひっそり暮らしていた少年・谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、
歴史的名機・継衛の操縦士となる。
長道が初めて異性を意識した少女、星白閑。初めて友達となった男でも女でもない人間、科戸瀬イザナ。
長道の能力に嫉妬を覚える岐神海苔夫。寮を取り仕切るクマ型の寮母、ヒ山ララァ。
宇宙船シドニアにおける”日常”の生活ー恋、喧嘩、仲間との会話は明日も続くはずだった。
再びガウナが現れるまでは…。
100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか?